Cómo elegir el mejor programa contable para clínicas dentales

La contabilidad es una parte esencial de la gestión de cualquier clínica dental. 

Más allá del control de ingresos y gastos, una buena solución contable permite optimizar la fiscalidad, mejorar la rentabilidad y tomar decisiones basadas en datos reales.

En este artículo, exploramos qué debe tener un programa contable para clínicas dentales, qué ventajas aporta frente a la gestión manual o con hojas de cálculo, cuáles son las mejores opciones en el mercado español y cómo se integra con el trabajo de la gestoría. 

También veremos cómo herramientas como Akeito ofrecen integración contable desde la propia gestión clínica.

Mejores 9 programas contables del mercado

1. Akeito

Aunque no es un software contable tradicional, Akeito destaca por su capacidad de unir en una sola plataforma la gestión clínica, administrativa y financiera de una clínica dental. 

Su diseño intuitivo y especializado lo convierten en una opción ideal para clínicas que buscan eficiencia sin renunciar al control. Entre sus funciones contables más destacadas se incluyen:

• Facturación automática ligada a citas clínicas, lo que permite asociar cada ingreso con un tratamiento concreto.
• Control de pagos y anticipos, detectando de forma automática impagos y recordando al equipo administrativo los seguimientos necesarios.
• Cálculo y visualización de honorarios por profesional, permitiendo saber quién genera qué y cuándo.
• Exportación en un clic para gestorías, en formatos compatibles con los softwares contables más utilizados (Excel, CSV, PDF).
• Informes visuales de rentabilidad, por tratamiento, especialidad o incluso por día de la semana.
• Alertas automatizadas para revisar impagos, cierres de caja incompletos o desviaciones de ingresos esperados.

Además, Akeito incluye funciones clínicas avanzadas, como agenda odontológica digital, historia clínica, recepción online, consentimiento informado digital y control de citas, lo que reduce drásticamente la fragmentación entre sistemas. 

Todo esto lo convierte en una solución integral para clínicas que quieren simplificar, automatizar y crecer.

2. Gesden

Uno de los programas históricos del sector. Incluye un módulo de contabilidad y facturación. Su punto fuerte es la integración con módulos clínicos, aunque su diseño es menos intuitivo y necesita instalación local.

3. Holded

Software contable general muy potente. Ideal para clínicas con soporte administrativo o con necesidad de control avanzado.

 Ofrece conciliación bancaria, generación de modelos fiscales y gestión de presupuestos. Requiere conexión con un sistema de gestión clínica.

4. Anfix o Quipu

Herramientas muy valoradas por gestorías y pequeñas empresas. No son específicas del sector dental, pero pueden funcionar si se usan junto a un software clínico compatible.

5. Clinic Cloud

Combina funcionalidades básicas de contabilidad con gestión de citas e historiales. Buena opción para clínicas pequeñas con un único profesional.

6. Contasimple

Una herramienta sencilla pensada para autónomos que puede servir a clínicas dentales pequeñas. Ofrece facturación, gestión de impuestos y libros contables.

Ventajas:

• Fácil de usar y económica
• Compatible con gestorías
• Soporte para modelos fiscales españoles

Limitaciones:

• No está diseñada específicamente para clínicas
• No se integra con software clínico

7. Sage 50

Una de las soluciones contables más robustas del mercado. Adecuada para clínicas grandes que requieren un sistema profesional y completo.

Ventajas:

• Potente contabilidad analítica
• Amplias funcionalidades fiscales y de facturación
• Integración con software ERP o CRM

Limitaciones:

• Curva de aprendizaje elevada
• Coste superior

8. Debitoor

Programa de facturación sencillo y visual, muy útil para clínicas que necesitan gestionar ingresos y gastos sin complicaciones.

Ventajas:

• Interfaz clara
• Facturación rápida
• Gestión básica del IVA

Limitaciones:

• No permite control clínico ni segmentación por profesional
• Funciones contables limitadas

9. Billin

Aplicación española para facturación y seguimiento de pagos. Puede utilizarse como complemento a software clínico si se prioriza la emisión ágil de facturas.

Ventajas:

• Facturación electrónica
• Recordatorios automáticos de pago
• Integración con bancos

Limitaciones:

• No es contabilidad completa
• No apto para clínicas con necesidades avanzadas

Combina funcionalidades básicas de contabilidad con gestión de citas e historiales. Buena opción para clínicas pequeñas con un único profesional.

¿Por qué una clínica dental necesita un programa contable?

Las clínicas dentales, especialmente cuando crecen o trabajan con múltiples profesionales, manejan una gran cantidad de transacciones diarias. 

Sin un sistema contable fiable y adaptado, es fácil perder el control de:

• Facturas emitidas y pendientes de cobro
• Honorarios por especialista
• Gastos recurrentes y extraordinarios
• Rentabilidad por tipo de tratamiento
• Presentaciones fiscales periódicas (modelo 130, 111, 303, etc.)

Un software contable reduce el margen de error, evita duplicidades y mejora la trazabilidad. Además, permite proyectar resultados y anticiparse a problemas de tesorería.

5 Ventajas frente a la gestión manual o en hojas de cálculo

1. Automatización: Las entradas contables se generan automáticamente desde los movimientos clínicos y administrativos.
2. Precisión: Minimiza los errores humanos propios de Excel o del registro manual.
3. Trazabilidad: Cada ingreso está vinculado a un paciente, una cita, un tratamiento y un profesional.
4. Legalidad: Facilita el cumplimiento de la normativa fiscal española.
5. Control financiero: Permite visualizar el rendimiento mensual, trimestral o anual en tiempo real.

La diferencia es clara: con hojas de cálculo puedes sobrevivir, pero con un buen software puedes escalar.

9 Funciones clave de un programa contable para odontología

1. Facturación automática y recurrente: El mejor programa de facturación de dentistas debe generar facturas automáticamente cada vez que se completa un tratamiento o una sesión clínica. También debe permitir configurar pagos recurrentes para tratamientos de larga duración o con financiación por cuotas.
2. Control de caja y cobros pendientes: Registrar todos los movimientos de caja, entradas, salidas, anticipos, devoluciones, es esencial para la tesorería diaria. También debe mostrar claramente los cobros pendientes, vencimientos y pagos parciales.
3. Registro y categorización de gastos: El sistema debe permitir anotar todos los gastos operativos (material, nóminas, alquiler, marketing), clasificarlos por tipo y fecha, y generar alertas en caso de desvíos presupuestarios o vencimientos importantes.
4. Liquidación de honorarios por odontólogo: Permite definir esquemas de retribución personalizados (por porcentaje, fijo o mixto), calcular de forma automática lo que debe percibir cada profesional en función de los ingresos generados y generar reportes mensuales de rendimiento.
5. Generación de informes para gestoría: Debe generar automáticamente los informes que la gestoría necesita: resumen de facturación, desglose por IVA, modelo 130 (IRPF), modelo 111 (retenciones), modelo 303 (IVA). También debe permitir exportación en formatos estándar.
6. Cálculo automático de impuestos y modelos fiscales: El software debe facilitar la presentación de impuestos, realizando cálculos precisos, agrupando la información según el trimestre o el mes, y emitiendo los datos necesarios para Hacienda. Ideal si incluye recordatorios de fechas límite.
7. Visualización de rentabilidad por especialidad: Debe ofrecer métricas por tipo de tratamiento: ortodoncia, prótesis, estética, cirugía, etc. Esto ayuda a decidir dónde invertir, qué áreas potenciar y cómo optimizar recursos humanos.
8. Conciliación bancaria e integración con bancos: Permite importar extractos bancarios y compararlos automáticamente con los movimientos internos. Facilita detectar pagos duplicados, cobros omitidos o errores contables.
9. Exportación de datos a Excel, CSV o PDF: Todo sistema debe ser compatible con exportaciones que permitan compartir la información con socios, gestoría, aseguradoras o auditores, sin complicaciones técnicas. Exportación de datos a Excel, CSV o PDF

¿Qué debe evitar una clínica dental al elegir software contable?

1. Herramientas generalistas que no conocen la operativa clínica

Muchos programas contables están diseñados para empresas convencionales, no para entornos sanitarios. Esto significa que no permiten vincular ingresos a pacientes o tratamientos, ni gestionar pagos fraccionados o honorarios por profesional. 

El resultado: una visión distorsionada del negocio clínico.

2. Sistemas cerrados sin posibilidad de integración

Si el software no se puede conectar con tu gestoría, banco o sistema de gestión clínica, te obligará a duplicar tareas. Buscar una solución con APIs abiertas o al menos exportación sencilla es clave para mantener fluidez operativa.

3. Falta de soporte técnico especializado en salud

Un problema común es contar con software que, aunque funcional, no ofrece asistencia adaptada al mundo de las clínicas dentales. 

El soporte debe entender tu lenguaje: tratamientos, pacientes, cobros, normativa sanitaria, fiscalidad médica...

4. Modelos sin actualizaciones ni adaptación a normativa española

Algunos programas no incorporan cambios legales importantes (como nuevos modelos fiscales, requisitos RGPD, o funciones específicas como el control de consentimiento informado). 

Asegúrate de que el proveedor realiza actualizaciones periódicas y está comprometido con el cumplimiento normativo.

5. Interfaz complicada o poco intuitiva

El mejor software es el que el equipo puede utilizar sin miedo. Si la curva de aprendizaje es alta, se generarán errores, abandono y resistencias internas. 

Una plataforma simple, clara y visual facilita la implantación y el uso real día a día.

6. Costes ocultos o mal dimensionados

Algunos programas tienen costes adicionales por usuarios, por acceso remoto, por módulos separados, o por asistencia. 

Evalúa el coste real a medio plazo y asegúrate de que la inversión se ajusta al tamaño y necesidades de tu clínica.

¿Cómo se integra un programa contable con la gestoría?

Una buena integración con la gestoría te permite:

• Enviar informes mensuales o trimestrales sin esfuerzo.
• Compartir acceso a la herramienta para revisar ingresos y gastos en tiempo real.
• Cumplir con las fechas fiscales con menos margen de error.
• Automatizar pagos, retenciones e IVA.

Muchos CRM para clínicas dentales como Akeito permiten exportar todos los movimientos relevantes en formatos compatibles con las herramientas más usadas por las gestorías.

Checklist para elegir software contable en tu clínica

• ¿Permite vincular los cobros a pacientes reales? Esto permite saber en todo momento qué ingresos provienen de qué tratamientos, qué pacientes tienen pagos pendientes y cuál ha sido el flujo económico de cada procedimiento clínico.
• ¿Gestiona honorarios por especialista? Fundamental si trabajas con colaboradores o si necesitas saber qué profesional está generando qué ingresos, especialmente para calcular porcentajes, productividad y reparto justo.
• ¿Ofrece informes exportables para gestoría? Un buen software debe permitir exportar informes en formatos estándar como Excel, PDF o CSV, para que tu gestoría pueda trabajar con tus datos sin pedirlos manualmente cada mes.
• ¿Calcula impuestos como el IVA o el modelo 130? Esto reduce errores en la presentación de impuestos y te permite estar preparado para cada trimestre sin tener que rehacer cuentas desde cero.
• ¿Controla pagos fraccionados o anticipos? Muy importante para tratamientos largos (como ortodoncia o implantes) donde los pagos se hacen en varias fases. El sistema debe permitir generar recibos automáticos y avisos.
• ¿Es compatible con la normativa española? No todos los programas lo son. Asegúrate de que el software esté adaptado al sistema fiscal, sanitario y de protección de datos vigente en España.
• ¿Se adapta al volumen de tu clínica (1-10 sillones)? El software debe poder escalar contigo. Si ahora tienes 2 sillones pero en dos años serán 6, el programa debe acompañarte sin penalizaciones o migraciones forzosas.
• ¿Incluye soporte técnico y formación? Aunque el programa sea intuitivo, necesitarás apoyo en momentos clave (migración, cierres fiscales, configuración de tarifas, etc.). El soporte debe estar especializado en clínicas.
• ¿Permite una visión de negocio clara? Más allá de la contabilidad, ¿puedes saber qué tratamientos son más rentables? ¿qué días de la semana facturas más? ¿qué paciente tiene más valor de vida?
• ¿Evita duplicidad con otros programas? Si necesitas usar uno para clínica, otro para contabilidad y otro para agenda, perderás eficiencia. Lo ideal es una plataforma todo en uno o que se integre perfectamente.

Conclusión

Un buen software contable para clínicas dentales debe ir más allá de los números. Debe ayudarte a entender tu negocio, anticiparte a los problemas y crecer de forma sostenible.

Soluciones como Akeito integran la parte clínica con la financiera, para que cada tratamiento no solo sea efectivo, sino también rentable y bien gestionado.

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